Artorka ma troje dzieci: córkę Marię Seweryn z małżeństwa z Andrzejem Sewerynem oraz dwóch synów — Adama i Jędrzeja Kłosińskich — ze związku z drugim mężem, operatorem filmowym Edwardem Kłosińskim. Jak się okazuje, w dzieciństwie jej pociechy często odczuwały dyskomfort związany z tym, że ich mama była osobą publiczną.

W rozmowie z Wiktorem Słojkowskim Krystyna Janda wspomina:
„Jak byli mali, to woleli, żebym była w domu, a nie przychodziła, np. do szkoły na wywiadówkę. Błagali, żebym nie szła do szkoły, bo ja niestety czasem byłam w takim pośpiechu, że szłam z filmu, czy skądś w sztucznych rzęsach. I oni mówili: 'Tylko mama niech tam nie przychodzi!'”
Choć starała się być zaangażowaną mamą, jej próby bycia "na czasie" często przynosiły odwrotny efekt. Zamiast dumy – pojawiał się wstyd.
„A potem następnego dnia chciałam się popisać i zakładałam rolki i wkładałam ochraniacze i przyjeżdżałam po nich na rolkach i oni się wstydzili jeszcze bardziej”
– dodała aktorka, z rozbawieniem wspominając tamte czasy.

Choć dziś relacje rodzinne są dobre, a dzieci już dorosły i same odnajdują się w świecie – również artystycznym – Janda przyznaje, że bycie mamą w blasku fleszy miało swoją cenę. Dla dzieci aktorki sława mamy była czymś trudnym do udźwignięcia — zwłaszcza w szkolnym środowisku, gdzie każde odstępstwo od "normy" potrafiło wywołać zakłopotanie.