Choć jest jednym z bardziej rozpoznawalnych aktorów w Polsce, Małaszyński od lat unika medialnego rozgłosu i konsekwentnie chroni swoją prywatność. W związku z Joanną Chitruszko jest od wielu lat, a ich relacja uchodzi za niezwykle trwałą i pozbawioną skandali.

Para wzięła ślub 17 sierpnia 2002 roku, ale znają się znacznie dłużej – są razem już od 31 lat. Poznali się jeszcze w czasach szkolnych, ale uczucie rozkwitło dopiero w liceum. "Wtedy mój mąż się we mnie zakochał i tak jest do dziś" – wspominała Joanna podczas jednego ze spotkań w swojej dawnej szkole.
Wspólnie wychowują dwoje dzieci – syna Jeremiasza, który urodził się w 2004 roku, oraz córkę Leę, która przyszła na świat dziesięć lat później. Z okazji 23. rocznicy ślubu, aktor podzielił się na Facebooku nastrojową fotografią, na której razem z żoną stoją tyłem do obiektywu i trzymają się za ręce.

Do zdjęcia dołączył krótki, ale wymowny podpis: „31 lat razem”, a także fragment tekstu piosenki „I will find you” zespołu Clannad – znanej z filmu „Ostatni Mohikanin”. Pod postem pojawiło się mnóstwo ciepłych komentarzy i gratulacji. "To piękne i rzadkie w dzisiejszych czasach", "Gratulacje i wszystkiego najlepszego na kolejne wspólne lata!" – pisali fani. Gratulacje złożyła także aktorka Daria Widawska, która zdradziła, że sama jest w długoletnim związku: „Jeszcze was nie dogoniłam, ale jestem na dobrej drodze – 25 lat razem. Uściski dla Asi!”.
Mimo że aktor rzadko mówi o swoim małżeństwie publicznie, w jednym z wywiadów nazwał Joannę swoją „lwicą”.
„To ona daje mi siłę, podnosi mnie, gdy mam chwile słabości. Dzięki niej potrafię się podnieść z najgłębszego dna. Siłą lwa jest jego lwica”
– mówił w rozmowie z magazynem Na Żywo.
